1940年12月4日，刘伯承和邓小平率一二九师师部到达河南涉县（现属河北省）的赤岸村。
1942年9月，中共太行分局成立后，他任分局书记。在此前后长达4年多的时间里，邓小平在这个峰峦重叠的太行山区中的小山村，指挥晋冀鲁豫地区的抗日斗争。特别是1943年10月，刘伯承离开太行，赴延安学习，邓小平任中共中央北方局代理书记，并主持八路军总部的工作，在艰苦的条件下，独自挑起了领导华北敌后抗日的重任。他指挥晋冀鲁豫军民打退了日伪军一次又一次的残酷“扫荡”，领导根据地军民进行根据地各项建设，取得很大成绩。
1940年以来，日本侵略军对我抗日根据地实行分割封锁的“囚笼”政策，企图扼杀我抗日根据地和抗日军民。
为了打破日寇的“囚笼”，5月，刘伯承、邓小平指挥了白晋铁路破击战役，给敌人以沉重的打击，取得了重大胜利。
1940年8月，八路军总部指挥八路军105个团40余万人发起了大规模的交通破击战，这就是举世闻名的“百团大战”。“百团大战”的作战前后共经历了三个阶段，首先从正太路破击战开始，以反“扫荡”结束，使日军的“囚笼”政策遭到了致命的打击。
刘伯承、邓小平率领一二九师和晋冀鲁豫军民参加了正太路破击战役、榆（社）辽（县）公路破击战役、关家脑战斗和反“扫荡”等“百团大战”的全过程。大战历时三个半月，一二九师共进行大小战斗500余次，毙伤俘日伪军近8000名，破坏铁路近500里、公路1000余里，取得了辉煌战果。
刘伯承在总结“百团大战”经验时指出：“八路军和决死队在华北敌后所进行的‘百团大战’，实质上是敌我之间交通斗争的激烈表现。敌人为作战运输的需要，为控制占领区掠夺人力物力，交通已成为不可断绝的生命线。如被打破，就必然演成肢解的死亡。交通战对于我们来说，则或者是让日寇交通线缠死，或者是破坏交通线问题。交通战不单纯含有军事意义，而且包括有政治的、经济的、文化的综合战的意义。”
“百团大战”给华北日军以巨大打击，有力地配合了正面战场，使日军企图进攻西安和重庆的计划流产。“百团大战”极大地震撼了日本侵略军。日军迅速调整了作战部署，重新集结重兵进攻华北敌后根据地。1941年春，日军集中60%以上的侵华兵力于抗日根据地周围，进行连续“扫荡”，实行残酷的“三光”政策，抗日根据地日益缩小。加上蒋介石发动第二次反共高潮，进一步加重了根据地军民的困难。
游击战场显威名
为了扭转“百团大战”之后的不利局面，刘伯承、邓小平采取了一系列措施，整训主力兵团、加强军区建设、发展地方武装和人民武装、建设游击集团。
早在1938年秋，刘伯承就提出“抗日自卫队、抗日游击队和军区、军分区基本部队三种因素组成有机配合动作的游击集团，是抗日军区的重要内容”；1941年2月，又提出继续发展游击集团，对付日寇的“扫荡”。6月30日，他又写出了《关于游击集团的训令》，指出了游击集团的组织、作用、指挥和优点。在此期间，刘伯承和邓小平指导全区组织了游击集团，加强边沿区的对敌斗争，打破敌人的蚕食和封锁。秋季，组织了全师运动大会，对各部队的整训进行检阅；并进行了邢（台）沙（河）永（年）等反“扫荡”战役。
为了加强对游击集团反“扫荡”的指导，刘伯承在这年连续发表了多篇军事著作，及时总结反“扫荡”的经验，对指导游击集团的行动起了重大作用。他所写的《太行军区1942年夏季反“扫荡”的军事总结》一文，曾被晋冀鲁豫根据地一位领导人誉为“太行山的《论持久战》”。
到了1943年，刘伯承又写出了《敌后抗战的战术问题》和《武工队在敌后活动的战术问题》，对敌进我进方针做了科学的概括，指出敌进我进是共产党领导人民军队敢于脱离自己的后方，进入到敌人的后方，与广大民众结合做斗争的行动。这种产生和运用于人民解放斗争的方针，只能为人民军队所独有，而为日本侵略军及中国其他军队所无法采用。
八路军运用敌进我进方针挺进华北敌后，建立起一个个抗日民主根据地；在日军回兵“扫荡”、蚕食的情况下，八路军又依靠敌进我进的方针，分兵深入敌后之敌后，巩固和扩大了抗日根据地。敌进我进，作为刘伯承的军事思想的一项重要内容，已经在中国革命战争的历史上，留下了光辉的记录。
“1942年是敌后抗日战争最频繁最残酷的一年，也是自然灾害最严重的一年。”段德文说，“部队不仅要打仗，还要生产。一二九师指战员，一手拿枪，一手拿锄，帮助人民开荒种地，兴修水利，渡过了难关。”
在抗日战争中敌我力量悬殊，我军采用的多为游击战术。刘伯承把游击战的指挥艺术发挥到了炉火纯青的地步。他说：“游击战争的‘游’就是机动，‘击’就是歼灭敌人；‘游’以掩护自己的弱点，寻找敌人的弱点；‘击’以发扬自己的特长，撇开敌人的特长。”他为游击战总结出一系列简练有效的战术方法，诸如“攻击一点，吸其来援；啃其一边，各个击破”；“猛虎掏心”，“釜底抽薪”；“狼的战术”“麻雀战术”“黄蜂战术”；还有“拖刀计”“杀回马枪计”“吸打援敌计”等。
开辟抗日根据地
早在1938年4月22日，八路军总部令第一二九师主力及第三四四旅一部迅速从太行山向冀南、豫北平原及各铁路沿线展开。根据中共中央的指示和八路军总部的命令，刘伯承和徐向前、邓小平进行了认真的研究，对新区开辟工作做了具体的分工和规划。决定加强主力兵团，成立新的第三八五旅，由陈锡联任旅长，谢富治任政治委员，汪乃贵任副旅长，下辖第七六九团、独立团和汪乃贵支队。并决定由副师长徐向前率第七六九团、第六八九团和曾国华第五支队开赴冀南。陈赓率第三八六旅主力进至平汉路西侧的冀豫地区，并相机向豫北发展，旅政委王新亭率第七七一团两个营进至平汉东侧的永年、肥乡、成安一带。陈锡联、谢富治率第三八五旅主力继续活动在正太路以南、平汉路以西地区，并相机分兵向石家庄以东发展。这实际上是一个中央突进，两翼配合的部署。背靠太行山、脚踩大平原，三个方向共同努力，加上冀南已有的力量，会很快打开一个新局面。
1944年4月，侵华日军发动了豫湘桂战役。在河南的国民党40万军队一触即溃，37天丢了38座县城。中共中央及时作出乘机向敌后进军，开辟河南抗日根据地的指示。7月20日，邓小平主持召开北方局会议，部署了向河南进军的任务。会后，他又亲自听取了豫西抗日先遣支队副政委郭林祥关于支队组建及渡黄河准备的情况汇报,和郭林祥一起选择渡河地点，并对支队的行动做了正确执行党的各项政策，广泛发动群众等具体指示。豫西抗日先遣支队南下后，邓小平又先后组建了豫西抗日游击第二支队和第六支队挺进豫西敌后，与兄弟部队和中共河南地方党组织一起广泛发动群众，英勇抗击日军,开辟了300多万人口的豫西抗日根据地。
1945年3月，邓小平率领北方局10余名干部，由山西辽县出发，通过连接太行与冀鲁豫的豫北地下交通线，到达中共冀鲁豫中央分局机关驻地豫北清丰县单拐村。邓小平不顾连日长途跋涉的疲劳，即与分局领导同志一起研究在新老根据地普遍发动群众，进行减租减息的问题。他强调，抓住了减租减息这个环节，就可以使根据地进一步巩固和发展。邓小平将随行的北方局干部分为三个组，分赴河南老区濮阳、滑县和新区的濮县开展深入的社会调查，了解群众工作情况。根据调查情况，邓小平提出了发展群众运动的正确政策和方法，促进了减租减息群众运动，推动了根据地各项工作的开展。
1945年4月，中国共产党在延安召开第七次代表大会。刘伯承被选为“七大”代表，出席了这次大会，任晋冀鲁豫区代表团团长，并被选为第七届中央委员。
1945年8月8日，苏联对日宣战。10日，朱德总司令发布反攻命令。中国人民的抗日战争进入了战略反攻阶段。刘伯承和邓小平在延安适时地指挥了一二九师及晋冀鲁豫军民对日寇进行大反攻作战，歼灭日伪军5万余人，控制了80多座城市，扩大了晋冀鲁豫解放区，地域北起正太路与德石路，南至黄河，西迄同蒲路，东抵津浦路，面积18万多平方公里，拥有人口2400余万，军队由出师抗日时的9000余人发展到近30万人，民兵40余万人。 （据《河南法制报》）
