平行志愿的投档原则是“分数排序，位次优先；遵循志愿，一轮投档”。首先对全体考生分科类（文科或理科）按投档分从高分到低分排定位次，体现“位次优先”的原则；再从首位开始，对每个考生所填报的平行志愿从院校志愿1到6的顺序依次检索，体现“遵循志愿”的原则。
为保证录取的公平、公正，平行志愿实行一轮投档。考生成绩未能达到所报的6个院校志愿投档线，档案无法投出的，或因不服从专业调剂等原因被退档的考生，只能参加征集志愿或下一批次录取。凡因退档造成的高校计划缺额，不进行补档，而是和生源不足的高校一起安排征集志愿。这是因为如果补充投档，将造成较低分数考生补入原投档分数较高的院校，也改变了该校的投档分数线，原报该校的考生因这时已被投到其他高校而无法补入，由此产生不公平。
